Neo dan Trinity memilih untuk kembali ke Matrix dengan Morpheus, melepaskan arsenal mereka dari kulit luar biasa dan senjata melawan kekuatan penindasan dan eksploitasi.
Neo harus mengikuti jalan yang telah ia pilih untuk menyelamatkan umat manusia.
Hubungan Neo dan Trinity semakin dekat, bahkan Neo sering bermimpi tentang kematian Trinity.
Suatu ketika Neo, Trinity, Morpheus, dan timnya terus bertarung melawan mesin yang telah memperbudak umat manusia di Matrix.
Bahkan Neo belajar lebih banyak tentang kemampuan supernya, termasuk melihat kode manusia dan hal-hal sekitar.
Seiring bertambahnya jumlah manusia yang terbangun di Matrix, pertempuran berpindah ke Zion yang merupakan kota terakhir yang dihuni oleh umat manusia, namun sedang berada dalam bahaya besar.
Dalam pertemuan itu diketahui bahwa pasukan Senital sedang membuat terowongan menuju Zion dan akan sampai dalam waktu 72 jam.
Mereka dan tim lainnya terus bertarung melawan mesin yang telah memperbudak umat manusia di Matrix.
Dalam pertemuan cinta dan kebenaran, iman dan pengetahuan, tujuan dan akal, Neo harus mengikuti jalan yang telah ia pilih jika ingin menyelamatkan umat manusia dari nasib gelap yang menghantui mimpinya.